Mannerin Konepajan historia on kertomisen arvoinen tarina, jossa olemme päässeet toisen maailmansodan melskeisiin. Kriisiaikojen jälkeen koittaa kuitenkin rauha ja Manner suuntaa jälleen uusille urille.
Talvisodan aikana Saksan suhtautuminen Suomea kohtaan oli penseää, mutta välit lämpenivät välirauhan aikana. Mannerin Konepaja hyötyi asiasta saaden Hankoon palautettujen koneiden tilalle uudet Saksasta. Välirauha ei kestänyt pitkään ja jatkosodan puhjettua kesäkuussa 1941 Manner palasi taas aseteollisuuden pariin – nyt uusin konein.
Neuvostoliitto tyhjensi Hangon tukikohtansa ja Mannerilla haluttiin nopeasti palata kotikaupunkiin. Pahasti vaurioituneet tilat kunnostettiin kesällä 1942 ja jo seuraavana vuonna Mannerin Konepaja aloitti jälleen toiminnan Hangossa. Iso osa tuotannosta oli silti edelleen Lahdessa, jossa toimittiin nimellä Man-Ko Oy.
Sodan päätyttyä syyskuussa 1944 aseteollisuuden työt loppuivat, mutta Hangon jälleenrakentaminen toi paljon tilauksia, joiden rinnalla Mannerilla kehitettiin koko ajan myös omia tuotteita. Näitä olivat mm. kenttäahjot, epäkeskopuristimet, palopostit sekä leipomo-, virvoitusjuoma- ja lihanjalostusteollisuuden koneet.